Avec ffmpeg :

 ffmpeg -i my-file-no-subs.mp4 -f srt -i my-subs.vtt -c:v copy -c:a copy -c:s mov_text my-file-with-subs.mp4 -y

Ou bien

ffmpeg -i episode-01.mp4 -vf subtitles=ep-01-s-01.srt mysubtitledmovie.mp4

Le fichier final contiendra les sous-titres.